A ciszterci apátság 1183-as évben történt alapításakor, az adományozott birtokon nagy valószínűséggel már volt egy Szent-Gotthárd nevű település, benne a hildesheimi püspök tiszteletére szentelt kis templom. Helyét nem tudjuk még biztosan, de valószínű, hogy dombon épült, és körülötte volt a temető, ahogy azt Szent István királyunk elrendelte.
A Trois Fontaines-ből érkező ciszterek új, hatalmas templomot és monostort építettek. A III. Béla királytól kapott mocsaras Rába-völgye és erdős részek mellé világi birtokosoktól is kaptak adományokat: Simon ispántól megműveletlen földeket és hozzá tartozó rabszolgákat és családos szolgákat is. A ciszterek élete szigorúan előírt szabályok szerint folyt, azt is előírták, hogy hol és hogyan temetkezhettek. Az 1970-es és 80-as években folyt ásatásokból ismerjük az 1184 után épített templom és monostor alapjait. A ciszterci rendtartás szerint, a templom északi fala mellett, a bejárat bal oldalán kellett elhelyezni a szerzetesek temetőjét. Zsámbéki Mónika kutató írta: „A mellékoltároknak helyet adó kereszthajó két végfalán ajtó nyílt. Az északin keresztül a szerzetesek temetőjébe lehetett kilépni, a délin át pedig a sekrestyébe lehetett jutni.” Bár ilyen irányú kutatás nem történt, nem lehet kétséges, hogy az első ciszterci temetkezési hely a régi templom északi fala mellett volt, vagyis a Széchenyi iskola felé lejtő enyhe domboldalon.
Ez a temetkezési szokás a világi kegyurak megjelenéséig kötelező volt. A Szécsi család tagjai kegyuraságuk alatt már rangjuknak megfelelően a templomban temetkeztek. Ezekből öt sírkövet találtak meg feltáráskor, amiket beépítettek a barokk templomban a sekrestye folyosójának falába. Az apátok közül egyedül Nádasdi Darabos György temetkezett a templomba. A kegyuraknak a szentgotthárdi apátság és birtokai csak bevételt jelentettek, többségük nem Szentgotthárdon élt, ezért nem volt több sírhely a templomban. A néhány ciszterci pap, aki még az apátságban működött, a többi rendtársa mellé lett eltemetve. 1556-ban egy időre megszűnt a szerzetesi élt Szentgotthárdon. 1605-ben a kurucoktól megijedt Tieffenbach, az akkor már várrá alakított monostort védő parancsnok, aláaknáztatta a templom északi falát, és miután kivonult, felrobbantotta. Ekkor elpusztulhatott a temető is.
1734-ben a Bécs melletti Heiligenkreuzból jöttek szerzetesek Szentgotthárdra. Az itt talált épületek azonban annyira romosak voltak, hogy először a Schlössl kápolnát hozták rendbe, ott laktak egy ideig, és az első négy halott szerzetest is oda temették. Sírköveiket 1964-ben, a szentgotthárdi csata háromszáz éves évfordulójának évében vitték el Heiligenkreuzba, amikor a második világháborúban tönkrement kápolnát helyreállították
Egy 1734-ben készült festményen felfedezhető egy torony nélküli épület a település határában, a Rába-átkelőnél. Ez a Temetőkápolna, amely ma Szentgotthárd legrégibb műemléke. Körülötte látható egy háromszögre hasonlító területen a régi temető, amely a település első, ősi temetkezési helye lehetett. A Rábától északra fekvő terület gyéren lakott volt, a római út mentén kisebb településekkel, majorokkal, pl. Füzes vagy Szentkereszt. Valószínűsíthetjük, hogy a ciszterek előtti Szentgotthárd a Rába-átkelőnél volt, és hozzá tartozott a kápolna és temető. Sajnos a temető felszámolásakor nem történt régészeti feltárás, amely bizonyíthatta vagy cáfolhatta volna ezt a hipotézist.
A Temetőkápolna átépítése, valamint kriptával és toronnyal való kibővítése 1756 körül Eberl Gusztáv szentgotthárdi születésű ciszterci plébánosnak köszönhető. Ez a kripta lett a heiligenkreuzi időszak temetkezési helye a rendtagok részére, egészen 1861 októberéig, amikor Wolf Adalbert ciszterci plébános befalaztatta a kriptát. Itt nyugszanak Matthias Gusner festő és Kaspar Schrezenmayer szobrász, laikus testvérek. A kripta szentély alatti részén helyezkednek el a sírkamrák, 85 x 60 cm keresztmetszetű üregek, egymás mellett öt, egymás felett három sorban. A kripták lezárásakor leszedték a sírkamrák márványtábláit, és azokat az oltár alá beépítették a padozatba, így ma már megállapíthatatlan, melyik kamrába kit temettek. A heiligenkreuzi korszakból 16 sírkamrában nyugszik szerzetes, 4 főt a kripta bezárása után a temető fala mellé temettek. 1878-ban egyesítették a szentgotthárdi apátságot a többi magyarországival a zirci apát fennhatósága alatt. Az elhunyt szerzeteseket ezután is a Temetőkápolna oldala mellé temették körben, időrendi sorrendben. 16 márványtábla őrzi az oda temetettek nevét, és jórészt csak a temetés évét. A régi temető bezárása (1930) után a ciszterek a Hunyadi utca végében nyitott temetőben levő kriptában helyezték örök nyugalomra 7 halottjukat.
1930-ban nyitották meg a település szélén a ma is használt temetőt, amikor betelt a régi, amely a gyárak felépítése után, a város belsejébe került. Az 1950-es évek elején a régi temetőt felszámolták. Ha a halottak leszármazottai nem fizettek az átszállításért, a sírokat, sírboltokat megsemmisítették. A sírköveket a Rába-híd és Rába-part megerősítésére használták, azaz a folyó medrébe és partjára kerültek. Az a temető őrizte Szentgotthárd múltját néhány száz évre visszamenően. 1972-ben a felszámolt temető helyén adták át a buszpályaudvart.
Szentgotthárdon temetkezések nyomait találták a település déli határát alkotó részen, mai Kossuth utca környékén, ahová az Akasztódombon kivégzetteket temették az akkori rendeleteknek megfelelően.
Szentgotthárdon az Akasztódomb oldalánál, a Szent Erzsébet utca végén található az izraeliták temetkezési helye, ismert nevén a zsidó-temető, amely 1866-ban nyílt meg. Utoljára az 1960-as évek elején temettek ide. Azóta jórészt kifosztották, és elhagyottá vált, hiszen a hozzátartozók többségét koncentrációs táborokban megölték. 1944. május 10-11-én a kaszagyár területén lévő barakkokba vitték a 119 szentgotthárdi és 30 vidéki zsidót, akiket vagonokban június 19-én megsemmisítő táborba hurcoltak. Az elpusztítottak neveit a Hősi emlékmű őrzi. Az akkori, Széchenyi utcai zsinagóga mellett 1947-ben felállított emlékművet a Mártírok útja építésekor a szombathelyi zsidó temetőbe vitték. 2019-ben a védett temetőt felújították.
A mai temetőben a közelmúlt, és az elmúlt évszázad halottai nyugszanak. Nagyszülők, dédszülők sírjaira temetkeznek az utódok, de egy séta közben körülnézve, olyan személyek nevét olvashatjuk a sírköveken, akik hozzájárultak e város fejlődéséhez, akik világgá vitték Szentgotthárd nevét, akikre ismerve, vagy ismeretlenül is jó visszaemlékezni.